Killian est le cadet d'une famille de deux enfants. Son grand frère Liam et lui se sont engagés comme corsaire sous les ordres du Roi de leur royaume, Liam comme capitaine tandis que Killian hérita du poste de second. Après avoir parcouru mers et océans, Liam reçu une mission des plus étranges de la part du Roi censé faire d'eux des héros! C'est alors à bord de leur navire en plume de Pégase qu'ils se rendirent sur l’île de Nerverland où une mystérieuse plante serait capable de soigner n'importe quel blessure. Aussitôt arrivé sur l'île les deux jeunes frères font la rencontre de Peter Pan qui les préviens sur la vrai nature de cette plante, qui n'est d'autre qu'un puissant poison! Liam ne croyant pas du tout au dire de Peter Pan, contrairement à Killian, se coupe intentionnellement le bras avec une épine afin de prouver à son frère la franchise de leur roi. Hélas pour lui la plante était bel et bien empoisonné. Killian fait alors tout pour réveiller son frère quand Peter se montre à nouveau le conduisant à l’antidote, mais lui annonce qu'il y a un prix à payer pour accéder à celle ci. Killian ne comprenant pas vraiment le sens des dires du jeune homme prend cette eau miraculeuse et soigne son frère et quittèrent ensuite cette île ensemble. Malheureusement, une fois à bord de leur bateau, Liam meurt subitement. En effet l'antidote ne fonctionnant que sur Neverland. Killian sous le coup de la colère et de la tristesse jure qu'il ne servirait plus ce traître de roi et que lui et son équipage seront dorénavant des pirates libre et indépendant présentant fièrement le pavillon noir à bord de leur navire rebaptisé ''Jolly Roger''. Killian promu au rang de Capitaine. Le Capitaine Jones.

Plusieurs années plus tard, Killian et son équipage sillonne les mers et océans et vont de port en port pillant des villages entiers comme de véritable pirate qu'ils sont désormais. Un jour, Killian rencontre dans un bar d'un petit village où il avait accosté une jeune femme. Immédiatement c'est le coup de foudre ! Hélas c'est femme est l'épouse d'un dénommé Rumplestiltskin, qui se trouve être le lâche du village! Il ne perd pas une seconde et lui fait la cour, lui proposant d'aller découvrir le monde à ses cotés, mais une chose retient la jeune femme, son fils Bealfire... Malgré son fils, quelque jours plus tard, ne pouvant plus supporter son mari, elle décide de suivre Killian sur son navire et de laisser son époux lui promettant de revenir chercher leur fils Bea plus tard. Rumple' n'acceptant pas que sa femme les laisse lui et leur fils tenta de la supplier de revenir mais en vain... Se ridiculisant même face à Killian refusant un duel contre lui. Killian emmena alors Milah et pendant des années ils filèrent le parfaite amour, sa maîtresse étant devenu une Pirate elle aussi. Ne pouvant oublier le fils de Milah, ils tentèrent de le récupérer à son père. Seulement voilà, Rumplestiltskin qui était autrefois le lâche du village est dorénavant le nouveau Mage Noir, Le Ténébreux un être terrifiant et surpuissant. Rumple' défia alors Killian en duel mais Milah coupa court à la bagarre. En vérité Le Ténébreux voulait un objet qui se trouvait en leur possession, un haricot magique permettant de voyager entre les mondes dans le but de retrouver Bea. Sur le Rolly Roger, Rumplestiltskin tua, sous les yeux de Killian, sa propre femme en lui arrachant le cœur pour la "punir" d'avoir abandonné leur fils et coupa par la même occasion la main de Killian pour récupéré ce fameux haricot. Mais Killian étant plus malin que le Ténébreux réussi à le garder et s'enfuit grâce à celui ci sur la fameuse Île qui lui avait pris son frère plusieurs année auparavant. En effet cette île stoppant le vieillissement lui permettrait de préparer une vengeance digne de ce nom contre ce "Crocodile" qui lui avait pris à la fois son grand amour et sa main, maintenant remplacer par un crochet. Captain Hook était né.

Quelque mois plus tard, Killian repêcha un enfant à Neverland, un qui avait surement échapper à Pan d'après Hook. Mais coup du destin ce garçon n'est autre que Bealfire, le fils de son pire ennemi et de son amour perdu, Milah. Par souvenir pour sa bien aimée il n'hésita pas à cacher ce garçon quand les Enfants Perdus vinrent sur son navire afin de le trouver et ainsi l'élevé comme son fils et qu'il devienne un pirate à son tour. Il prit son rôle de beau-père très au sérieux n'avouant bien évidement jamais que c'était à cause de lui que sa mère l'avait abandonné des années plus tôt. Cependant la vérité fini toujours par éclater... Quand Bea' découvrit la vrai identité du capitaine Jones il le maudit et préféra quitté le navire. Sous son impulsivité et sa colère, Killian le vendit à Peter Pan en échange de la promesse de quitter l'île de Neverland. Malgré sa culpabilité et sa honte d'avoir abandonné Bealfire, il se rendit à Farytale toujours dans le but de se venger du Crocodile. C'est là bas qu'il découvrit qu'il avait une nouvelle compagne, Hook tenta alors de la trouver... C'est comme cela qu'il rencontra l'Evil Queen qui le chargea d'une mission bien spécial. Tuer sa mère Cora se trouvant alors a Wonderland, en échange elle lui promis de l'aider à tuer Rumplestiltskin grace à un sort qui les enverré dans un monde sans magie où le Ténébreux serait impuissant. Mais se marché était en réalité un piège... Cora, le prévient alors de la véritable intention de sa fille et des effets secondaire qu'aura se sort, comme l'amnésie. Comment ce venger d'une personne qu'on a oublier ? Hook retourne donc sa veste et Cora fit un sort afin que la malédiction ne les atteigne pas eux et une partie du royaume et gela le temps. Mais 28 ans plus tard, la malédiction est brisé et maintenant Cora et Hook cherche un moyen de se rendre à Storybrooke, elle pour retrouver sa fille, lui pour se venger...

Par le plus grand des hasard, Emma la sauveuse ainsi que Snow se rendirent dans la foret enchanté où Hook se fit alors passé pour un paysan ayant survécu au massacre que Cora avait engendré. Emma n'étant pas dupe compris son manège et Hook dut révélé sa véritable identité se retrouvant ainsi privé de son fidèle crochet. Hook confia ses véritables intentions à Emma, il voulait se rendre à Storybrooke peut importe avec qui. Killian les aidèrent alors à trouver une boussole leur permettant de regagner leur monde, mais Emma le trahit, emprisonnant au sommet d'un haricot géant. Hook retourna alors du coté de Cora et trouvèrent une autre solution pour se rendre dans ce monde, c'est alors à bord du Jolly Roger que Hook et Cora arrivèrent à Storybrooke. A force d'observation, Hook retrouva la femme qui faisait battre le cœur du Crocodile et décida de s'en prendre à elle, allant même jusqu'à lui faire perdre la mémoire et ainsi oublier ses sentiments pour Rumplestiltskin. Coup du sort, Hook se fit renversé par un mystérieux individu et se retrouva blessé à l'hôpital. De nouveau sur pied il repartit à la recherche de Rumplestiltskin qui c'était rendu à New York afin de retrouver son fils, Bea. Mais hors de Storybrooke, le Ténébreux n'avait plus aucun pouvoir et Hook réussi à le blesser mortellement avant de se faire emprisonner par Emma à N.Y! Quelque temps après il regagna Storybrooke comme prisonnier de guerre de Tamara et Greg qui n'avait qu'un objectif : détruire la magie. Il s’allia dont à eux pour kidnapper la Evil Queen et dans le but de tuer Rumplestiltskin qui avait survécut au poison. Quand les choses commencèrent à se gâter, Killian laissa tombé tout le monde et s'enfuit grâce à un haricot, laissant Emma et les siens dans la 'merde' mais finit par revenir sur ses pas ayant réfléchis et réaliser les paroles d'Emma qui lui avait annoncer la mort de Bealfire auquel il tenait et qui se trouver être le père d'Henry.

Mettant sa fierté de coter, il proposa son aide à Emma, ses parents et même à son pire ennemi de les aider à retrouver Henry, enlevé par Greg et Tamara. Il fit ceci en mémoire à Bealfire mais pas que... En effet la fameuse Sauveuse avait réussi à atteindre le cœur du pirate qui pensait être fermer depuis la mort de sa chère Milah... Ils se rendirent donc tous à Neverland à bord de son bateau dans le but de secourir Henry...